近年来,医药零售规模持续扩大,零售业态不断创新,伴随着中国新零售时代的进一步发展,促使医药行业进入转型升级重构阶段。同时,“健康中国”的战略实施以及“两票制”、“药品集中采购试点”、“带量采购”等国家政策的逐步落实,驱动了大健康产业的快速发展,从而促使医药企业在深化医药体制改革和形成药品价格机制的过程中进行结构调整和产业链的转型升级。随着人口老龄化的加剧、居民健康意识的提高以及新零售产业迅速发展,我国居民对健康用药以及医疗器械有了更多元化的要求,也因此扩大了医药零售行业的市场革新及扩容,增加健康医疗的新型消费需求。随着新兴零售业态发展,传统的供应链设计以及发展至饱和状态的电子商户模式已然不能适用于高速发展中的医药企业。因此,论文通过对影响我国医药供应链的因素分析和问题分析引发对新零售发展中的医药供应链亟需解决的外部大环境和企业内部组织结构以及对医药产品研发和终端营销的问题探索。论文引入软件工程中常用的Petri网系统建模和分析,通过建立Petri网络模型分析我国传统医药供应链、互联网模式下的医药供应链和新政策下的医药供应链模型,用Petri模型表达供应链中上中下游各个活动之间的各种业务关系以分析医药企业的三种主要零售模式。利用Petri网对网络进行可达性分析,利用时间Petri网计算每个供应链模型经过的时间延迟,对医药企业在新零售背景下的重组路径进行可行性分析。构建新零售背景中的医药供应链新模型并对此进行价值创造路径分析。研究表明,在原有的医药供应链中,由于政府规制、产业链中上游供应商杂乱需求不明、中游医药制造企业经营业力巨大以及下游单一的零售端服务模式等影响因素已经不再适用于新零售的高速发展,在新零售和消费者需求升级的发展推动下重构新的医药供应链是医药企业转型升级的当务之急。（1）选取国内杰出的医药企业进行实证研究,探析不同医药企业在新形势中利用自身优势的同时是如何建立相对应的业务模式和服务链体系以及利用大数据进行新零售赋能。（2）通过时间Petri网的计算结果得知,传统的医药供应链早已不再适用,而互联网医药供应链模式中的医药企业第三方B₂C模式和新零售发展初期中线上线下一体化的O₂O模式是目前进行医药零售效率最高的商业模式,而实体药店零售的供应链运作则需要较长的时间。（3）从构建的医药行业全产业链的结构模型和医药流通行业产业链结构模型可以分析出,以顾客需求为导向的个性化生产和提高对消费者参与度才是实现医药企业构供应链重构的导向因素。（4）实证结果表明医药企业应提升市场占有率和配送效率以缩减供应链,采用效率更高的直销模式来实现价值的最大化。因此,在重构的医药供应链中更加注重终端的消费者体验。医药企业在供应链B端建立统一的原料采购联盟、发展医药B₂B和B₂C业务模式的同时,C端注重提升消费者体验,升级O₂O营销模式并建立智慧药房、社区供应终端打造智能供应模式,在数字化零售中建立线上和线下融合的新型闭合环路,以智慧赋能终端深挖行业价值。