目的：比较慢性乙型肝炎患者及乙肝相关性肝硬化患者与健康人群的肠道菌群多样性和结构差异,探讨慢性肝炎与肠道菌群之间的相互关系,为慢乙肝及其相关性肝硬化的治疗提供新思路。方法：按照2010年中华医学会肝病学分会和感染病学分会修订的《慢性乙型肝炎防治指南》诊断标准,选择广西医科大学第一附属医院感染性疾病科收治的慢性乙型肝炎病毒感染者,并排除合并其他嗜肝病毒肝炎及伴有其它系统疾病者39例,其中慢性乙型肝炎组(CHB组)19例,乙肝后肝硬化20例(LC组,均为失代偿期)。健康对照组9例。所有研究对象近1个月内均未使用抗生素及益生菌制剂。收集所有48例研究对象粪便样本,提取细菌组DNA,送深圳华大基因科技服务公司进行Illumina Miseq测序,分析各样本物种组成和丰度,并对各组内和组间物种多样性差异和菌群结构差异进行分析。结果：(1)在所研究健康组及病例组中,拟杆菌门和厚壁菌门总比例达肠道菌群的80%以上；(2)健康组shannon指数大于肝硬化组,差异有统计学意义(P<0.05)；健康组simpson指数小于慢乙肝组,差异有统计学意义(P<0.05); CHB组Observed species指数大于肝硬化组,差异有统计学意义(P<0.05)。表明健康组、慢乙肝组、肝硬化组肠道菌群物种多样性呈逐渐减少趋势；(3)健康组、慢乙肝组及肝硬化组菌群结构呈现出较大差异,在聚类分析中各组互有交叉,但总体上表现出聚类趋势,可见健康组、慢乙肝组与肝硬化组各组内均有其特征性菌群结构；(4)在门分类水平进行组间显著性差异分析,可看出与健康组比较,慢乙肝组拟杆菌门丰度增加(p<0.05)；肝硬化相较健康组无明显差异；肝硬化组与慢乙肝组比较,肝硬化组拟杆菌门丰度减低,变形菌门丰度增加(p<0.05)。而在属分类水平,共有23种占比在0.5%以上的菌属鉴定出有组间差异,其中慢乙肝及肝硬化组拟杆菌门下的机会致病菌普雷沃氏菌属、TM7菌门下的blautia菌属丰度均较健康组增加(p<0.05)；肝硬化组韦荣氏球菌属丰度增高(p<0.05)。结论：1、各组中拟杆菌门和厚壁菌门均为肠道两大优势菌群；2、随慢乙肝病情进展,肠道菌群多样性减少,而肠道菌群高多样性与健康状态有关；3、慢乙肝疾病不同阶段,肠道菌群结构有显著差异；4、 慢乙肝及肝硬化组主要表现为拟杆菌门及厚壁菌门下菌属丰度改变。