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背景:结核性脑膜炎(Tuberculous meningitis,TBM)是结核分枝杆菌感染引起的脑膜和脑脊髓膜的非化脓性炎症,是肺外结核病最严重的形式,发病率、死亡率高,造成了严重的社会负担。由于结核性脑膜炎的临床表现缺乏特异性,而且传统的病原学诊断方法耗时长、敏感度低,结核性脑膜炎的诊断始终是一个严峻的挑战,临床往往难以做到早期确诊,进而严重影响结核性脑膜炎的治疗及预后,导致其致死、致残率居高不下。宏基因组二代测序(Metagenomic Next-Generation Sequencing,mNGS)是一种新兴的分子诊断学手段,其通过对送检样本中的DNA或RNA进行测序,快速、准确的获取病原体的基因组信息,目前正广泛应用于中枢神经系统感染疾病病原体的检测,但在结核性脑膜炎中应用较少。目的:评价脑脊液宏基因组二代测序技术(mNGS)在结核性脑膜炎早期诊断中的价值。方法:选取2017年9月至2018年9月在河南省人民医院神经内科入院治疗的临床诊断为TBM的患者16例,TBM的诊断依照国际TBM诊断分型,同时纳入6例确诊的隐球菌性脑膜炎患者为mNGS阳性对照,1例抗N-甲基-d-天冬氨酸受体(NMDAR)脑炎患者作为mNGS阴性对照,所有入组患者均使用mNGS技术及常规病原体检测方法检测收集的脑脊液样本。同时计算mNGS及其他检测方法诊断TBM的敏感度特异度,比较其诊断效能。结果:1、16例临床诊断的TBM患者中,其中男性10例,女性6例,年龄40.8±18.1,入院前症状持续时间10-120天(平均31.2天),最常见的临床表现是发热100%(16/16)、头痛75%(12/16)、意识障碍75%(12/16)、颈强直81.25%(13/16)。头颅MRI平扫及增强提示伴脑膜强化者68.75%(11/16),伴脑梗死(梗塞部位脑干、丘脑、岛叶侧脑室)者25%(4/16),脑积水者6.25%(1/16);2、入组TBM患者的实验室检查结果:颅内压升高者81.25%(13/16),脑脊液白细胞升高者93.75%(15/16,平均211.25*10~6/L),脑脊液细胞学淋巴细胞占优势者62.5%(10/16),脑脊液蛋白升高者100%(16/16,平均1.86g/l),脑脊液葡萄糖降低者62.5%(10/16,平均1.92mmol/l),XPERT MTB/RIF阳性者18.75%(3/16),抗酸染色阳性者0%(0/16),脑脊液培养阳性者0%(0/16),外周血T-SPOT.TB阳性者56.25%(9/16);3、以临床诊断为金标准时,mNGS的敏感度为62.5%(10/16),XPERT MTB/RIF的敏感度为18.25%(3/16),T-SPOT.TB的敏感度为50%(8/16),与XPERT MTB/RIF和T-SPOT.TB相比,mNGS具有最高的敏感度。4、以临床最终诊断为金标准时,mNGS与XPERT MTB/RIF技术诊断方法一致性差(Kappa=0.027,p=0.165),mNGS诊断的阳性率为62.5%,明显高于XPERT MTB/RIF(18.75%),且差别有统计学意义(Mc Nemar检验,P=0.039)。mNGS技术与XPERT MTB/RIF技术相结合能将检测灵敏度提高到69.53%;mNGS与T-SPOT.TB技术诊断方法一致性中等(Kappa=0.5,p=0.039),且mNGS与T-SPOT.TB两者比较差异无统计学意义(Mc Nemar检验,P=0.625),一致度为74.2%。mNGS技术与T-SPOT.TB技术相结合能将检测灵敏度提高到81.25%。5、以MRN≥1、MRN≥2、MRN≥3、MRN≥5为诊断标准判断mNGS阳性与否,其诊断的敏感度分别为62.5%、56.25%、37.5%和31.25%,特异度均为100%,其阴性预测值分别为53.85%、50%、41.18%和38.89%,在以MRN≥1为TBM宏基因组二代测序阳性结果标准时,诊断的敏感度及阴性预测值最高。结论:1.在16例临床诊断TBM患者中,mNGS检测MTB的阳性率最高(62.5%),T-SPOT.TB的阳性率为50%,XPERT MTB/RIF的阳性率为18.25%,mNGS与其他检测方法结合可提高MTB的检出率;2.mNGS可用于混合感染的病原学诊断,如病例10(结核性真菌性混合型脑膜炎),MTB为胞内菌,脑脊液样本中细菌丰度低,当结核分枝杆菌复合群MRN≥1时可认定结核分枝杆菌的mNGS阳性。