鉴于其能够充分利用供应链中各个企业的优质资源，装配系统已经在汽车、电子等众多行业中得到了广泛的应用，但始终存在的挑战是如何保证系统中每一个节点企业都能够协调同步的运作。与此同时，供应链管理实践及理论研究表明，供应链成员间的协同运作能产生单个企业不可能产生的协同效应，从而提高整条供应链的竞争力。基于此类理论与实践背景，本论文结合现实运作中的不确定性条件，在分析不同零部件供货模式之基础上，建立了装配系统协同模型，并针对性地提出了优化运作机制。本论文首先结合实践调研和文献研究，总结了装配系统中存在的零部件提前期随机、产出量随机以及市场需求量随机等不确定性因素；提炼了装配系统上游端两种不同的零部件供货模式：订购模式和VMI模式。在此基础上，基于双重供货模式的特点，分别建立了零部件提前期随机、零部件产出量和市场需求量随机条件下的装配系统协同模型。通过数学证明，得到了系统各参与方各自的唯一最优运作策略。在此基础上，引入集中式系统作为标杆，找到了分散式系统难以实现协调的原因，并有针对性的提出了能实现分散式系统协同运作的优化机制。最后，通过数值实验验证了分散式系统非协调性的现象及原因，以及本论文提出的优化运作机制的有效性。根据实验结果，进一步探讨了相关的管理启示及意义，从而为指导实践运作提供理论依据。