对于行政事业单位而言,2012年财政部颁布并实施的《行政事业单位内部控制规范（试行）》（以下简称《单位内控规范》）将我国的行政事业单位内部控制工作提升到了一个新的高度。但随着我国财税体制改革的进一步深化,预算改革的作用也就愈加凸显,新的形势也预示着新的机遇与挑战对行政事业单位预算业务内部控制提出了更加严格的要求。预算业务内部控制作为行政事业单位业务层面内部控制的重中之重,其开展是为了同时做好“预算管理”与“管理预算”两方面的工作,通过优化预算业务各环节的内部控制来使预算充分发挥出作为一种管理手段应有的作用。本文选取的X高校作为公益二类事业单位,在上级部门的要求与各类政策、法规的指引下,于2018年制定了《X大学预算管理办法（暂行）》,对预算业务内部控制体系进行了初步明确。但在我国对高等教育的财政支持力度不断加大以及高校融资渠道不断拓宽的形势下,仅以“量入为出、收支平衡”的原则开展预算业务已远不能适应新的形势与环境。从X高校2018年至2019年的预算编制与执行情况可以看出,预算的编制不科学、执行比例低等问题凸出,主要是由于X高校预算业务内部控制体系不健全。所以必须对X高校预算业务内部控制进行优化,提高预算资金的使用效率与效益,使预算为学校各项事业发展提供有力保障。本文选取X高校作为研究案例对象,以发现问题、分析问题、解决问题的逻辑进行研究。首先,对内部控制理论与信息不对称理论进行诠释;然后在相关理论的指引下,以整理统计X高校预算业务相关数据为基础对现有内控制度进行分析发现其预算编制环节内部控制存在缺少事前与事中控制、项目预算审核方法不科学、校内预算分解无争议解决机制的缺陷;预算执行环节内部控制存在预算执行分析工作缺失、预算绩效目标设定比例低、科研项目预算执行管控方式不完善的缺陷;决算环节内部控制存在决算分析报告未进行审批的缺陷。在探索引起以上问题的深层次原因主要为预算业务的风险评估方式不科学、相关人员岗位胜任有待提升、缺少预算业务考评机制以及预算业务监督机构作用缺失后,有针对性的对预算业务内部控制进行优化与完善,并提出相应的保障措施。