可变剪切（alternative splicing）赋予了基因表达和功能的多样性,对细胞分化、细胞命运、组织器官发育及其功能维持具有重要的调控作用。区别于基因层面的研究,从isoform水平去开展分析可以了解基因功能的改变。文昌鱼是研究脊椎动物胚胎器官发育的理想动物模型,在文昌鱼胚胎发育过程中开展可变剪切研究,具有其它模式生物不具备的优点。相关研究对脊椎动物的器官胚胎发育和进化起源研究具有积极的参考价值。由于现有基因组注释的不理想,以文昌鱼为模式动物开展胚胎基因表达的动态研究存在着转录本拼接、注释和定量不可靠的问题。为此,本研究以佛罗里达文昌鱼（Brachiostoma floridae,B.floridae）为研究载体,基于16个胚胎发育时期的链特异性转录组测序数据和七个胚胎发育时期混合样品的三代测序数据,开发了一个转录本整合文库计算工作流,构建了一个含有164,603超级转录本（supertranscript）、189,528转录本的佛罗里达文昌鱼转录组参考文库,并利用Annocript流程对文库进行了全面的注释。其中,我们发现了 16,231个基因可变剪切所产生的41,157个isoform。接着,我们以文昌鱼转录组参考文库为模板,对转录组进行表达水平分析,绘制了文昌鱼胚胎发育连续表达谱。基于连续表达谱,我们开展了文昌鱼胚胎发育基因表达模式的系统性分析。首先,我们发现了 28,789个特异性表达基因,24,971个选择性表达基因,21,167个抑制表达基因和2,888个管家基因。基因本体论（Gene Ontology,GO）功能分析表明以上四类模式表达基因在发育中起到重要作用。其次,基于基因表达的速度变化,结合KOG功能注释和基因表达在不同发育时期的变化趋势,我们推测文昌鱼的母体-合子启动在受精后并在256细胞时期结束。此外,利用NCA算法我们预测了 80转录因子在文昌鱼胚胎发育过程中的活性,并描述转录因子之间是如何相互协作保证胚胎发育进程的正常进行。接下来,我们对文昌鱼不同胚胎发育时期的可变剪切进行了系统分析。从可变剪切的角度阐述了文昌鱼在进化的地位,描绘了文昌鱼不同胚胎发育时期转录组的差异。我们发现大规模isoform切换事件发生在256细胞-原肠胚早期,原肠胚早期-原肠胚中期,以及神经胚中期-神经胚晚期,这暗示在这三个时期胚胎通过基因的可变剪切形式进行复杂而又精密的胚胎发育调控。进一步功能分析发现,isoform切换的倾向性为protein-coding向noncoding切换,长ORF向短ORF切换,不同domain之间切换。我们也以KLF4（Kruppel-like factor4）为例,阐述了 isoform切换背后的生物学意义。综上所述,本研究取得了以下几项成果:（1）我们构建了文昌鱼转录组参考库,绘制了文昌鱼胚胎发育基因连续表达谱,为系统开展文昌鱼胚胎发育奠定了数据基础。（2）模式基因和转录因子的分析,为文昌鱼的器官胚胎发育研究提供了潜在的研究靶标。（3）可变剪切在胚胎发育过程中发挥着重要的调控作用。我们从isoform切换角度,阐述了基因在胚胎发育的不同时期是如何通过可变剪切正确地行使功能和发挥作用,为后期的实验验证提供方向以及理论指导。总之,本研究为开展脊椎动物器官胚胎发育分子机制研究提供了基因线索和方法参考,也为文昌鱼的模式化提供了数据支持。