铁路是国家重要的基础设施和大众化的交通运输方式，具有能源消耗低，环境污染少，运输能力强，占地面积小，安全系数高的特点，对国民经济建设和发展起着决定性的作用。近几年来，铁路运输行业一直处于亏损的状态，截止到2014年第三季度，铁路总公司税后亏损34.42亿元，负债35316亿元，负债率64.79%。因此，探讨影响铁路运输企业盈利能力的影响因素具有重要的现实意义。本文在文献阅读和理论分析的基础上，以大秦铁路和广深铁路2006年-2013年的数据为例，首先通过净资产收益率等指标对大秦铁路和广深铁路的盈利能力进行比较分析，然后从主营业务、企业规模、股权结构、资产质量、技术创新以及资本结构等方面找出影响铁路运输企业盈利能力的主要因素，最后提出相应的对策建议。本文的研究结论为：（1）从盈利能力来看，大秦铁路的净资产收益率、资产报酬率、销售利润率、成本费用利润率以及投入资本回报率是显著高于广深铁路，但大秦铁路的盈余现金保障倍数要低于广深铁路，这也提醒了大秦铁路，不但要提高公司的盈利能力，还要注意公司的盈利质量。（2）从影响盈利能力的因素来看，除了主营业务差异外，公司规模和资产质量也是影响铁路运输企业盈利能力的主要因素；另外，股权结构、技术创新、资本结构对企业盈利能力也有一定的影响作用。因此，铁路运输企业要改进经营管理，提高盈利能力，不但要关注主营业务的构成和质量，还要关注公司规模、股权结构、资产质量、技术创新、资本结构等因素对盈利能力的影响，以加强企业的持续稳定发展。