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甘蔗是我国最为重要的糖料作物,病毒病害是影响甘蔗生产的主要因素,甘蔗杆状病毒病是甘蔗的重要病毒病害,是由甘蔗杆状病毒（Sugarcane bacilliform virus,SCBV）引起的一种病毒病。SCBV属于花椰菜花叶病毒科杆状DNA病毒属,SCBV侵染甘蔗后会影响甘蔗的单茎重、出汁率、蔗糖分的降低,最终使甘蔗的产量和品质下降。SCBV在我国蔗区传播蔓延速度极快,SCBV的感染率不断增加。为了明确我国蔗区甘蔗受SCBV侵染情况,了解我国蔗区SCBV存在的株系及其分布情况,揭示我国SCBV分离物的遗传多样性、群体遗传结构以及分子进化机制。本研究从我国13个蔗区收集747份甘蔗样品,对收集获得的甘蔗样品进行SCBV的PCR检测,分析各个蔗区SCBV感染率;对我国蔗区SCBV分离物进行了遗传多样性分析,明确我国蔗区SCBV存在的基因型,并找出新的致病基因型,分析各蔗区SCBV基因型的分布情况;然后选取RT/RNase H区域核苷酸序列差异性较大的部分SCBV分离物克隆其全基因组序列,对得到的全基因组序列进行基因结构特征、遗传重组以及系统进化等生物信息学分析。研究结果如下:从我国广西、云南、海南、广东等13个甘蔗主产区收集747份甘蔗样品,采用引物SCBV-F和SCBV-R对这些样品进行SCBV的PCR检测,有529份样品的检测结果呈阳性,平均检出率为70.83%,由此可见我国蔗区甘蔗受SCBV侵染严重,SCBV已成为我国甘蔗产业安全生产的重要潜在威胁。对我国蔗区477份甘蔗样品SCBV的RT/RNase H区进行克隆测序,剔除相同序列后,共获得95条不同的SCBV的RT/RNase H序列,利用这些序列构建系统进化树,发现SCBV序列可以分成21个基因型,为SCBV-A～SCBV-U,其中SCBV-S、SCBV-T和SCBV-U为新发现的基因型。发现我国蔗区共存在12种SCBV基因型,分别是SCBV-A、SCBV-B、SCBV-C、SCBV-H、SCBV-L、SCBV-M、SCBV-N、SCBV-Q、SCBV-R、SCBV-S、SCBV-T、SCBV-U。其中SCBV-T是我国蔗区的主要基因型,占78.30%,其次是SCBV-R基因型,占3.40%,SCBV-B基因型最少,占0.26%。另外发现同一个甘蔗样品存在混合感染的情况。广西蔗区存在9种SCBV基因型;云南蔗区存在6种SCBV基因型;广东蔗区存在5种SCBV基因型;海南蔗区存在2种SCBV基因型。从甘蔗品种粤甘40号上克隆获得一条SCBV分离物的全基因组序列SCBV-YG40,长度为7790bp。对SCBV-YG40与已报道的12条SCBV分离物的序列进行一致性分析发现,在全基因组序列水平上,SCBV-YG40与印度的SCBV-BO91分离物的核苷酸一致性最高,为82.15%,与法国的SCBGDV-Batavia分离物的全基因组核苷酸一致性最低,为48.55%;在RT/RNase H序列水平上,SCBV-YG40与澳大利亚SCBIMV-QLD分离物的一致性最高,为87.32%,因此,SCBV-YG40属于SCBV病毒种SCBIMV;在基因型上,SCBV-YG40属于SCBV-Q基因型。本研究的结果进一步丰富了 SCBV遗传多样性的分子生物学信息,同时也为我国甘蔗杆状病毒病科学防控提供依据。这不仅对学科发展有重要意义,而且对发展我国甘蔗生产、促进经济建设具有重要现实意义。