肺腺癌组织中差异表达CircRNA的筛选及验证

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目的:肺癌已逐步成为全球范围内发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一。由于对肺癌发病机制的研究尚不充分及缺乏早期诊断生物标志物,肺癌的5年生存率较低。近年来,研究证实circ RNA作为非编码RNA在生物体内广泛表达,并且与多种肿瘤的发生、发展密切相关。本文通过基因芯片技术筛选出在肺腺癌及癌旁组织中差异表达的circ RNA,根据ce RNA调控网络及后续研究目的circ RNA的筛选原则,筛选出目的circ RNA并进行验证。探讨目的circ RNA在肺腺癌发生、发展中的作用,为肺腺癌诊断及预后提供新的生物标志物,为靶向治疗研究提供新的思路。方法:1.肺腺癌样本收集:收集4对手术切除的肺腺癌及癌旁组织样本。2.利用基因芯片技术检测肺腺癌及癌旁组织中差异基因的表达情况。3.原始数据的处理与分析:将芯片原始数据做归一化处理,然后将肺腺癌和癌旁组织数据进行对比分析。(1)用样本聚类分析、样本相关性分析和主成分分析进行样本间比较分析。(2)筛选差异表达的circ RNA,筛选标准:fold change(差异倍数,FC)≥2或FC≤0.5,P<0.05。筛选结果可用散点图、火山图和聚类热图直观展现差异表达circ RNA的分布情况及表达情况。(3)预测circ RNA的靶mi RNA和靶基因,建立ce RNA调控网络。4.根据ce RNA调控网络的预测结果及差异表达circ RNA的筛选原则筛选出后续研究的目的circ RNA,并在肺腺癌细胞系及40对肺腺癌组织中进一步验证。5.根据目的circ RNA预测的靶基因在肿瘤发生发展中的作用,推测目的circ RNA在肺腺癌发生发展中的作用。结果:1.通过原始数据归一化处理后,样本间比较分析显示,两组样本分组可靠。与癌旁组织相比,肺腺癌组织中上调表达的circ RNA有2768个,下调表达的有2935(P<0.05,FC≥2或FC≤0.5)。2.预测了差异表达circ RNA的靶mi RNA和靶基因,建立了ce RNA调控网络。3.根据ce RNA调控网络预测结果及差异表达circ RNA的筛选原则,在这些差异表达的circ RNA中筛选出了下调的hsa_circ_0024888、hsa_circ_0026554、hsa_circ_0060184、hsa_circ_0056510作为后续的研究对象。4.肺腺癌细胞系及肺腺癌组织样本的RT-q PCR结果显示目的circ RNA:hsa_circ_0024888、hsa_circ_0026554、hsa_circ_0060184、hsa_circ_0056510在肺腺癌细胞系(A549、H1299、H1975、H1793、H1993)及肺正常上皮细胞(BEAS-2B)中的相对表达情况与肺腺癌组织基因芯片结果一致,上述4个circ RNA在40对肺腺癌及癌旁组织中的相对表达情况半数以上与肺腺癌组织基因芯片结果一致。5.根据ce RNA预测结果中下调表达的目的circ RNA靶基因在肺癌或其它恶性肿瘤中表达下调且具有抑癌作用,推测4个下调表达的目的circ RNA具有抑癌作用。结论:1.通过基因芯片和生物信息学技术,发现肺腺癌中存在异常表达的circ RNA。预测了差异表达circ RNA的靶mi RNA和靶基因,建立了ce RNA调控网络。2.首次发现hsa_circ_0024888、hsa_circ_0026554、hsa_circ_0060184、hsa_circ_0056510在肺腺癌组织中特异性低表达。3.细胞实验验证了4个目的circ RNA在肺腺癌细胞系表达情况与肺腺癌组织基因芯片结果一致;40对肺腺癌组织样本验证试验结果显示上述4个circ RNA在肺腺癌组织中的相对表达情况半数以上与组织基因芯片结果一致。4.根据ce RNA调控网络预测的目的circ RNA的靶基因具有抑癌作用推测下调的circ RNA具有抑癌作用。
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