随着国家对林业重点工程投资的不断加大，林业重点工程实施已进入中期阶段，取得了令人瞩目的成绩，但是也暴露出很多问题。客观、准确地反映工程运行情况和实施效果；保证林业重点工程资金的安全有效，提高资金使用的效率性和管理的效益性；评价工程最终产生的效果和工程给生态环境带来的影响，这些问题亟待解决。而绩效审计就是从一定的层面来评价资源的消耗及其结果，并针对存在的问题提出建议和对策的审计行为。为此，本文针对林业重点工程展开绩效审计研究，系统评价林业重点工程资金使用的效率性和效果性，工程建设的效果性，以及工程建设对推进生态建设的作用，并且通过对林业重点工程绩效审计的研究，进一步探索开展我国绩效审计工作的途径。围绕林业重点工程绩效审计这一中心问题，分别从林业重点工程绩效审计的相关理论基础、林业重点工程绩效审计现状及问题、林业重点工程绩效审计总体框架设计、林业重点工程绩效评价及指标体系设计等方面进行了多角度、多层次的研究，并给予实证，提出制度保障措施。分别构建了林业重点工程绩效审计的理论结构、绩效评价和评价指标体系的理论模型，并且运用AHP法对各指标进行权重计算和分析，建立了林业重点工程绩效评价体系，得出综合绩效模型。从整体上构建了林业重点工程绩效审计的框架体系。通过分析了林业重点工程绩效审计开展的现状和存在的问题，提出我国目前有对林业重点工程开展绩效审计的需求，也具备了一定的实践经验。但是，在理论和实践中也同时存在制约绩效审计工作开展的不利因素。解决这些问题的关键，首要是建立了林业重点工程资金绩效审计的理论体系，根据林业重点工程实施的政治、经济和社会环境背景，提出以绩效审计环境为起点构建林业重点工程绩效审计的理论结构。在该理论结构的指导下，分别从审计主体、审计程序、审计方法等方面阐述了林业重点工程绩效审计的具体实施方式。充分借鉴西方发达国家绩效审计标准，结合我国实际情况，提出了将政策目标作为评价标准，对林业重点工程的综合绩效进行评价的观点。并根据现行绩效评价指标体系，构建了四个方面共计48个指标的评价指标体系。运用AHP方法分别确立了生态效益、经济效益和社会效益三个层次对林业重点工程综合效益的影响程度，以及各个基层指标对总体指标的影响程度，通过实证检验，实现了对林业重点工程综合绩效评价的突破。选取黑龙江省兴隆林业局天然林保护工程作为绩效评价对象，以天然林保护工程政策为审计目标，分项目分阶段对其进行实证研究。在实地调研，大量数据支撑的基础上，验证了成本——效益分析法，层次分析法，综合指数法对天保工程综合运用的可行性，并且从已构建的林业重点工程绩效评价指标体系中选取具有代表性的相关指标进行评价，得到综合评价模型，且其分析结果与实地审计结论相符，最终得出了审计结论，提出了审计建议。在对林业重点工程资金绩效审计研究的基础上，归纳了五个共性问题，从审计制度的完善、绩效审计准则的建立、审计资源的整合、制定具体的审计程序和完善审计报告等层面，对我国林业重点工程资金绩效审计工作的进程提出了建设性意见。全文采用定性分析与定量分析相结合、理论研究与实证分析相结合、静态分析与动态分析相结合等方法，对林业重点工程资金绩效审计进行全面系统的研究。在分析问题的角度、研究的体系、范围上，同现有的公共工程绩效审计和财政专项资金绩效审计相比，更为全面深入且密切结合实践，可以说是对绩效审计理论研究的丰富。对我国林业重点工程绩效审计工作的实际开展也具有一定的指导和借鉴意义。