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有害藻华是全球性海洋生态灾害,其不仅严重破坏海洋生态环境,且引发麻痹性贝毒（Paralytic shellfish poisoning,PSP）等藻毒素严重威胁人类生命与健康。而目前PSP来源问题,仍悬而未决。其究竟是由藻自身产生,或由其藻际菌群产生,或二者互作共同产生,仍无定论。藻菌关系是阐明PSP产生机制、探索赤潮科学防控的关键,而阐明其藻际菌群多样性,是推进藻菌关系研究的必要前提。链状亚历山大藻（Alexandrium catenella）是典型产毒赤潮甲藻。为阐明其藻际菌群物种多样性信息,本研究以我国东海2株链状亚历山大藻（AC 01、AC 02）为研究材料,分别利用细菌16S rRNA V3-V4区及全长扩增子测序技术对其藻际菌群多样性进行了比较分析。二代测序所获OTU结果显示,藻株AC 01的藻际菌群包括12个门,27个纲,59个目,105个科及184个属。而藻株AC 02则包括11个门,19个纲,52个目,85个科及143个属。其中优势门均为变形菌门（Proteobacteria）,在2株藻株中所占比例分别为66.17%和84.96%,优势属均为海洋中普遍存在的海生菌属（Marivita）,所占比例分别为14.4%和26.4%。而三代测序结果表明,藻株AC 01包含4个门,8个纲,16个目,14个科及19个属。藻株AC 02包含4个门,7个纲,13个目,16个科及22个属。其优势门及优势属的分析结果与二代测序一致,但其比例均高于二代测序结果,分别为82.02%和89.11%,45.73%和38.72%。Marivita属为红杆菌科（Rhodobacteraceae）重要成员,且与海洋碳、氮循环密切相关。与二代测序技术相比,AC 01中新种比例由60.71%提升至93.28%,AC 02中新种比例由76.13%提升至94.31%。细菌全长扩增子测序实现了藻际菌群的种水平分类地位的精准定位,为实现其选择性富集分离提供了必要的分类学背景信息支持。获得微生物纯培养物是阐明其功能及应用的前提。本研究基于所获得藻际菌群的物种多样性信息,进而通过纯培养方法对其藻际菌群可培养菌株进行了选择性分离,并利用多相分类学技术对两株新种进行了细菌鉴定。结果表明,LZ-4为革兰氏阴性菌,杆状,细胞大小为0.4-0.6×1.1-1.8μm,淡黄色,有鞭毛,可运动。生长温度范围为10-42°C（最适温度33°C）,pH 5.5-9.0（最适pH 7.0）和0-7%（w/v）NaCl（最适3.5%）。极性脂包括二磷脂酰甘油（DPG）、磷脂酰乙醇胺（PE）、磷脂酰甘油（PG）、两个未鉴定氨基脂（ALs）和三个未鉴定极性脂（Ls）。主要的呼吸醌为Q-8。主要细胞脂肪酸为summed feature 8(C18:1ω7c和/或C18:1ω6c)、summed feature 3(C16:1ω7c和/或C16:1ω6c)、C16:0,C17:0 cyclo和C10:0 3-OH。G+C含量52.5 mol%。将其命名为Limnobacter alexandrii LZ-4。Z6-9为淡红色革兰氏阴性菌,无运动性,需氧。细胞大小0.9-1.5μm x 2.1-3.4μm。生长温度范围为15-40°C（最适温度25°C）,pH 5-10（最适pH 7.0）和1-10%（w/v）NaCl（最适3.5%）。主要呼吸醌Q-10。极性脂包括磷脂酰甘油（PG）、磷脂酰乙醇胺（PE）、糖脂（GL）、磷脂酰胆碱（PC）、1种未鉴定磷脂（PL）和4种未鉴定脂（Ls）。主要脂肪酸组分为Summed feature8(包含C18:1ω7c和/或C18:1ω6c),C18:1ω7c 11-methyl、C19:0ω8c cyclo和C18:0,G+C含量64.9mol%。将其命名Mameliella alexandrii Z6-9。对二个新种的基因组测序结果表明,菌株L.alexandrii LZ-4的基因组大小为3.48Mb,包含17个contigs,N50为452 kb,DNA G+C%为52.5%,其中注释基因数3298个。而菌株M.alexandrii Z6-9基因组大小为5.66 Mb,包含38个contigs,N50为326 kb,DNA G+C%为64.9%,其中注释基因数为5543个。碳水化合物活性酶注释结果显示,L.alexandrii LZ-4及M.alexandrii Z6-9包含的多糖裂解酶相关蛋白数量分别为2和3,表明其对多糖利用能力有限。其代谢通路的预测结果显示菌株M.alexandrii Z6-9具有ectoine及carotenoid合成基因簇。为进一步利用遗传信息进行藻菌关系研究奠定了基础。