药物重定向数据库构建与检索系统的开发

来源 :华南理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ling1945081
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
新药研发对于提高人类的生活质量发挥着极其重要的作用。但是传统新药研发模式遭遇了瓶颈:一是化合物骨架接近饱和,近年来美国食品药品监督管理局(Food and Drug Administration,FDA)批准的新化学实体药物逐年降低;二是医药企业在新药研发上的投入产出比逐年升高,研发成功率却逐年降低。为了弥补传统新药研发模式的瓶颈,研究者开始将目光转向老药。依托老药延伸出的新药研发策略包括重组药物、药物重定向和仿制药等,其中药物重定向的研发策略不仅缩短了研发时间和成本,更重要的是这些药物已经具备完整的安全性和药代动力学数据,极大地降低了开发风险,是研究者青睐的策略。药物重定向的研究方法很多,包括偶然发现和系统预测两大类。偶然发现的方法多半存在运气成分,目前使用更多的是系统预测的方法。系统预测方法需要收集大量的有效研究数据,但是相关的研究数据散布在大量的研究文献或者生物信息学数据库中,数据量庞大并且描述随意,不能直接使用,研究者需要花大量的精力和时间去筛选所需的数据。虽然目前有一些影响力比较大的药物数据库,但是这些数据库并没有将药物与潜在的新药效联系起来,所以在药物重定向的领域,亟需开发一个系统的数据库将这些研究成果收集整合。本课题的研究目的是以FDA批准的小分子药物及撤市药物为研究目标,构建一个药物重定向数据库,并开发基于Web的DRD(Drug Repositioning Database)整合平台,为药物重定向的研究者们提供信息查询和数据支持。本课题的研究内容包括药物重定向信息的收集、分类、整合、作用网络构建以及DRD平台开发,具体内容包含:(1)药物重定向信息:靶点水平、细胞水平、动物水平和药物临床阶段数据。(2)DRD平台的开发模块:主页、搜索、浏览、网络图、下载、常见问题、联系以及数据上传模块。药物重定向数据库收录的数据条目统计如下:总共包含2128个小分子药物,其中102个撤市药物;总计靶点为3775个;总计疾病972种;重定向活性数据条目总计40390条,其中蛋白水平活性数据34676条,细胞水平活性数据4011条,动物水平活性数据1703条;通路图1612张;临床试验数据20000条;药物-重定向靶点-疾病网络图2128张。药物重定向数据库建立之后,以二甲双胍为例,通过DRD平台的数据搜索,发现二甲双胍除了治疗糖尿病及多囊卵巢综合征之外,还可能用于治疗多种恶性肿瘤、肥胖症、自身免疫性疾病以及代谢紊乱。该案例也初步说明了本研究建立的药物重定向数据库是一个能为药物重定向研究提供思路的有效数据源。本研究第一次建立了涵盖全面实验验证的药物重定向数据库及DRD平台,并根据重定向的靶点制作了药物-新靶点-疾病的树状网络图。
其他文献
第一部分Arp2蛋白表达情况与肾透明细胞癌临床病理特征的关系目的:研究发现Arp2蛋白表达情况与多种肿瘤相关。本研究通过收集肾透明细胞癌术后组织石蜡包埋样本,免疫组织化学
唐诗歌曲是艺术歌曲中的一类,其文化底蕴丰厚,旋律精致华美,韵味十足,是文学艺术和音乐美学结合的产物,具有极高的艺术价值。在唐诗歌曲创作中,赵季平创作的唐诗歌曲质量高且数量多。赵季平是中国乐坛最具中国风格、中华气质和民族文化精神的作曲家,他的唐诗歌曲兼具古典与现代的音乐风格,不仅继承了唐诗的古朴雅致,还用现代的音乐语汇表现唐诗中丰富的意境和情感,为唐诗歌曲汇入了新鲜的血液,将文学性与音乐性完美融合。
随着通信需求升级,卫星通信天线向着小型化、移动化、高可靠性化发展,在军事、工业及民用领域发挥着越来越重要的作用。与固定天线不同,移动载体卫星通信天线的难点在于抑制
目的:探讨肉瘤样肾癌临床病理特征和预后因子及治疗方式。方法:回顾性分析福建医科大学附属协和医院泌尿外科2002年到2016年间15例术后病理确诊为肉瘤样肾癌的患者,收集这些
反刍动物瘤胃中的纤维素降解菌对降解植物粗纤维发挥重要作用,瘤胃中纤维素降解以厌氧菌为主,然而也发现存在兼性厌氧纤维菌。兼性厌氧纤维素菌虽不是瘤胃中主要的纤维菌,但
研究背景:壶腹周围癌一般指起源于壶腹部周围2cm范围内的恶性肿瘤,其一般包括:Vater壶腹部、胆总管末端、胰管开口处、十二指肠乳头及其附近粘膜等部位的恶性肿瘤,为消化系统
目的:1.研究膀胱癌组织与同一个体的配对的膀胱正常组织进行比较,检测中国汉族人群中膀胱癌的体细胞突变;2.对比研究非肌层浸润性膀胱癌组织(Non muscle invasive bladder ca
近年来,我国铜产量快速增长,已经成为世界第一大精炼铜生产国,产量大约占到了全球的1/3。就目前而言,我国的铜主要是由火法冶炼产生,按铜冶炼过程中每产出1吨精铜排放2.2吨铜
蹄叶炎是成年马最常见的一种疾病,严重的病例往往导致一些优良的马匹或利用价值较高的马匹过早淘汰。美国农业部国家动物健康监测系统2000年对1200所马场28000匹马的调查显示
蒸散发是陆面水文过程中的一个关键环节,直接影响土壤-植被-大气系统中的水、热传输。对植被而言,97-99%的水分以蒸散发的形式散失,因此,准确估算区域尺度蒸散发对深入理解水文循环过程、定量研究生态需水及合理配置水资源有重要的指导意义。本文选取水资源匮乏、水体污染严重的渭河流域为研究区,收集并处理了MODIS数据、ASTER GDEM数据、同期地面气象数据及植被、土壤等多源数据,运用SEBS模型反演