miRNA和dsDNA等温扩增检测新方法的研究

来源 :青岛科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:chen_d031
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核酸作为生命的最基本物质之一,广泛存在于动植物细胞和微生物体内,并常在生物分析、疾病诊断和食品安全等方面充当分析标志物的作用,因此,发展设计简单、易于操作和灵敏快速的核酸等温检测新方法成为核酸检测领域的主要目标,这也是本论文的主要研究内容。本论文构建了两种设计简单的核酸等温扩增检测新方法,并分别对miRNA和DNA进行了快速、灵敏和特异地检测。在第二章中,本论文建立了BAMP (Double-nicked beacon mediated isothermal amplification)法并对miRNA进行了检测。该方法将靶标miRNA作为引物,以设计的一种带有双切刻内切酶位点的分子信标作为模板,miRNA和分子信标模板结合后,在切刻内切酶和聚合酶联用作用下,引发链置换扩增反应,经双重循环扩增过程后,信号被级联放大。本文利用此方法对miRNA Let-7a进行了检测,可以检测到0.1 zmol Let-7a;此外,还对miRNA Let-7家族中与其同源性高的其它成员作为靶标进行了检测,表明该方法具有良好的特异性;通过对肺癌细胞提取物中靶标的检测,验证了方法具有较强的抗干扰能力。由此表明,BAMP方法是一种设计简单并且具有较高特异性和抗干扰能力的等温核酸检测方法,其将对miRNA的临床应用和现场快速化检测具有重要意义。在第三章中,针对目前大部分生物体内核酸是以DNA双链形式存在的情况,本论文建立了一种在等温条件下检测双链DNA的新方法-SAMP (Single primer-triggered isothermal amplification)法。此方法首先借助切刻内切酶和聚合酶在靶标DNA双链上引发线性链置换扩增反应,将DNA双链转化为单链,然后利用设计的单引物在单链DNA上引发循环扩增反应,自身形成"turn-back"结构,并进一步引发自身链置换循环扩增反应,经过上述三重循环过程,信号被级联放大。利用此方法对双链DNA进行了检测,在10 amol-0.01 zmol的浓度范围内,荧光信号的POI值与靶标浓度呈线性关系,检测范围达6个数量级;该方法还可以检测到靶标中单碱基差异,具有较强的特异性;并在含有大肠杆菌基因组的复杂体系下成功对靶标质粒进行了检测,具有较强的抗干扰能力;此外,本论文还成功对同一体系中的鱼和鸡的靶标DNA进行了同时检测。综上所述,SAMP方法为DNA双链的检测提供了新思路。
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