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东北地区红松林及樟子松林受害虫危害较为严重,且为多种钻蛀性害虫联合发生,对林木的健康生长以及林区的经济、生态效益造成严重影响。为了在害虫发生初期能够准确判断其种类,本研究利用现有的幼虫形态鉴别特征,对来自东北地区1 1个采集点的1117个样本进行鉴定,并通过比对COI基因序列加以验证。在确定具体种类的基础上,基于COI、ITS2和EF-1α基因序列对不同种类进行分子系统发育分析,判断各分类单元的亲缘关系与传统物种划分是否存在差异,并为其提供科学依据。对分布较为广泛主要害虫进行种群遗传学相关分析,基于遗传多样性和遗传结构判断种群历史动态以及种群间分化水平,为害虫的综合防控提供理论依据。主要研究结果如下:(1)害虫种类鉴定:通过幼虫外部形态特征及COI基因序列比对,共鉴定出6种害虫,分别为冷杉梢斑螟(Dioyctria abietella)、赤松梢斑螟D.sylvestrella)、小花尺蛾(Eupithecia abietaria debrunneata)、油松球果小卷蛾(Gravitarmata margarotana),以及两个发生数量较少的未知种:小卷蛾属未知种(Cydia sp.)和螟蛾总科(Pyralidoidea)未知种。统计发现,危害球果的主要害虫为冷杉梢斑螟,危害枝干的主要害虫为赤松梢斑螟。可参考本研究中提供的毛位图作为鉴定工具,以便在害虫防治工作中快速鉴别。(2)序列组成与系统发育分析:对4个已确定物种的COI、ITS2和EF-1α基因进行测序,发现不同物种的COI和EF-1α基因序列长度一致,ITS2基因序列长度变化较大。仅COI基因序列具有明显的A/T偏倚性。COI和EF-1α基因碱基替换主要发生在密码子第三位点;ITS2基因序列碱基替换普遍较少,物种内序列相似度较高,物种间的差异主要来自于长期积累的插入和缺失突变。不同分类阶元下的遗传距离范围有明显差异,亲缘关系越近遗传距离越小。基于三种基因构建的系统发育树所显示的拓扑结构一致,每个物种均能构成单系群,分支情况与传统物种划分不存在偏差。(3)冷杉梢斑螟种群遗传结构:单倍型错配分布和基于COI、EF-1α基因序列的中性检验,均表明总群体近期可能发生过种群扩张,而ITS2基因的变异符合中性进化模型,未能表现出种群扩张。对各个地理种群进行分析,除四棚(SP)种群发生过扩张外其他各种群内部已出现瓶颈效应。齐齐哈尔(QQHE)种群与多个其他种群的遗传分化,基于三种基因序列均表现为较高水平,认为寄主植物及地理隔离是导致其分化水平较高的重要因素。四棚(SP)地理种群仅基于COI基因序列与其他种群表现为遗传分化,认为这是由于线粒体基因相对于核基因进化速率较快所造成的。遗传距离和地理距离回归分析表明,距离隔离对冷杉梢斑螟10个地理种群的遗传分化无明显影响。