行政协议是中国特色社会主义市场经济发展的产物,是政府治理活动重大变革的体现。2015年行政诉讼法修订后行政协议被纳入行政诉讼受案范围之内,在同年出台的司法解释中设置了相应的规定,初步在我国建立起行政协议诉讼制度的框架。新颁布的《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》为人民法院提供了新的审理依据,但同时对该解释的理解与适用也产生了许多问题。基于我国行政协议诉讼目前的司法现状,通过实证分析的方法,检索人民法院审理完毕的行政协议纠纷的裁判文书作为研究样本,梳理出行政协议诉讼中法律适用存在的六个方面问题:受案范围的界定,超越权限能否追认,诉讼时效与起诉期限的选择,协议无效的认定,违约责任性质的认定,裁判方式的选择。以司法实践的经验为基础,对上述问题产生的原因进行充分剖析之后,从以下六个方面提出解决我国行政协议诉讼法律适用问题的建议:一是放宽行政协议识别的界限,适当的对行政协议诉讼的受案范围进行扩张;二是援用民事追认制度,作为追认行为合法性的依据;三是明确诉讼时效适用的情形;四是在判断协议的效力问题时,以公共利益优位作为标准;五是承担违约责任应当充分赔偿相对人的损失;六是需突破诉判一致,不能仅是在回应当事人的诉讼请求上选择裁判的方式。