本论文的第一部分工作是麝香保心丸心肌保护作用的蛋白质组学分析。心血管疾病在全球四大非传染性疾病中拥有最高的发病率和死亡率。麝香保心丸自1982年批准上市以来有大量临床证据表明其在冠心病和心肌梗塞的治疗上具有良好的有效性和安全性,是目前国内临床上用于治疗心血管疾病的最常见的中药复方。然而,麝香保心丸治疗心血管疾病的药理作用机制尚未明确阐明。因此,我们采用蛋白质组学技术对麝香保心丸治疗心肌梗塞模型大鼠的心肌保护作用进行研究。我们通过合作对心肌梗塞模型大鼠进行超声心动图分析,发现经麝香保心丸治疗的心梗大鼠的左心室缩短分数和射血分数得到显著改善,表明其心脏功能恢复。随后,我们采用基于质谱的定量蛋白质组学技术对麝香保心丸治疗后的心梗大鼠心脏组织进行定量分析,系统地鉴定了表达显著变化的蛋白质,并从中发现了15种与心血管疾病密切相关的蛋白质。差异表达蛋白质的功能富集结果显示,麝香保心丸治疗显著上调心梗大鼠心脏中与参与细胞线粒体能量代谢过程的蛋白质,包括脂肪酸代谢、氧化还原过程和有氧呼吸过程相关的蛋白质。通过Western blot实验,我们验证了参与能量代谢过程的两个差异表达蛋白质脂肪酸结合蛋白3和肌红蛋白在心梗大鼠心脏中表达下调,经麝香保心丸治疗后上调。此部分工作是从蛋白质组学的角度研究麝香保心丸在心梗大鼠中的心肌保护功能,表明麝香保心丸可能通过改善心肌细胞内的能量代谢相关通路来实现心肌保护作用。本论文的第二部分工作是果糖二磷酸醛缩酶A（fructose-bisphosphate aldolase A,ALDOA）促进肝癌发展的蛋白质组学分析。肝癌是我国第三大癌症死因,具有早期发现困难、进展迅速、患者五年生存率低的特点,仅2020年一年全国因肝癌死亡人数达39万,但目前尚缺乏疗效显著的肝癌靶向治疗药物。因此,亟需发现肝癌治疗的新靶点。我们通过对肝癌临床队列的蛋白质组学数据进行分析,发现ALDOA是患者的不良预后因子。并发现在肝癌细胞中敲减ALDOA可抑制肝癌细胞的增殖、促进肝癌细胞的凋亡,表明ALDOA可能成为肝癌的潜在治疗靶点。其次,我们采用数据非依赖性采集（data independent acquisition,DIA）技术对敲低ALDOA的Huh-7细胞进行深度蛋白质组学分析,获得了超过8,000种蛋白质的定量信息。数据分析提示敲低ALDOA可能激活Huh-7细胞中AMPK复合物的表达,使其下游转录因子SREBP1的表达降低,导致细胞脂肪酸代谢和胆固醇代谢过程中大多数关键代谢酶的表达下调。