事业单位是我国一种独特的社会组织形式，对我国社会经济发展起到了促进作用，但随着市场经济的逐步完善，事业单位现有的体制已不能适应当前的发展形势。2011年国务院下达通知，要深化完善事业单位改革，其中要求经营性事业单位转变体制，由事业单位转为企业。经营性事业单位改制为企业的核心在于改善管理制度，薪酬激励作为人力资源的核心模块之一，将会成为经营性事业单位改革的重点。文章的核心在于理清目前经营性事业单位薪酬激励制度中存在的问题，运用定性与定量相结合的方法，提出相应的改善意见，以达到有效激励员工的目的。本研究以经营性事业单位员工薪酬激励制度为研究重点，具体分为六个章节。首先根据研究背景引出论题，并通过整理相关研究综述分析出目前对于研究对象的研究进度，结合相关薪酬激励理论作为论文的理论支撑。其次通过对经营性事业单位薪酬激励制度改革的历史演进并结合调查问卷进行实证分析，总结现状及探究改制后企业中薪酬激励制度中存在的问题。最后运用管理学、经济学等理论工具对经营性事业单位薪酬激励制度进行剖析，将阅读文献中指出的问题与实际情况存在的问题相结合，切实的为完善经营性事业单位薪酬激励制度提出改善建议。文章的创新点在于考虑到交叉学科对于薪酬激励制度的影响，通过管理学、经济学、心理学相关理论将薪酬、激励有关知识体系进行融合，丰富了薪酬激励相关理论体系。同时结合对经营性事业单位实际情况调研，运用SPSS统计软件对目前经营性事业单位薪酬激励制度情况进行分析，得出薪酬激励制度中存在的实际问题，使提出的改善建议更符合实际情况。文章希望能为经营性事业单位在转企后实施更完善的薪酬激励制度提供建议，加强对员工的激励效果，最终增强企业在市场中的整体竞争力。