光子晶体器件在制作过程中难免会出现结构的不理想及缺陷,在包装及使用过程中不可避免会受到外界的压力从而产生形变,它们都叫做无序,无序会对光子晶体结构的光学特性产生影响。全反射带的存在比光子带隙的存在更普遍,对于无带隙的光子晶体结构,光可以通过全反射在波导通道内传播。本论文采用有限元法讨论无序对二维光子晶体及其波导的影响和光子晶体中的全反射现象,主要内容有：(1)讨论了位置无序、大小无序、形变对二维正方晶格空气孔型光子晶体TE模透射特性的影响。总的来说,无序度越大,光子晶体受到的影响越大。相同无序度的横向无序和纵向无序对光子晶体光学特性的影响程度相同,光子晶体光学特性受到大小无序的影响比受到位置无序的影响更大。(2)讨论了位置无序、大小无序、形变对二维正方晶格空气孔型光子晶体波导的TE模透射特性和能带结构的影响。纵向位置无序和纵向形变比横向位置无序和横向形变对光子晶体波导光学特性的影响更大,大小无序比纵向位置无序和纵向形变对光学特性的影响更大。(3)研究了椭圆孔型二维正方晶格光子晶体的全反射带,同时,基于光子晶体的这种特性我们构造了光子晶体波导。对于不存在带隙的光子晶体,光能够通过全反射沿着缺陷通道传播,并且,通过在90度弯折的波导中传播,几乎能达到无损透射。