进入二十一世纪,我国经济社会发生了深刻的变革。财政体制改革不断深入,对事业单位的资金投入不断加大。事业单位的管理水平直接影响财政资金的使用效益,必须加强事业单位管理理念的更新和管理意识的增强。内部控制是管理的核心内容,一个组织内部控制水平的高低决定着整体管理效率的高低。目前,我国事业单位大多都存在内部控制意识淡薄、内部控制松散、内部控制效率低下等问题,单位运行的风险隐患不断积压,严重影响和制约着事业单位的健康发展。因此,事业单位内部控制建设是亟待解决的问题。本文在介绍内部控制理论和事业单位特点的基础上,对S事业单位的发展现状、存在的问题、内部控制的缺失等进行了全面介绍和分析。从单位性质、体制、领导层的观念、意识,内部控制环境建设、内部控制活动建设等方面深入分析了内部控制存在问题的原因。指出S事业单位管理弱化的关键点在于尚未建立健全有效的内部控制管理系统。借鉴COSO内部控制框架理论的思想,针对S事业单位目前内部控制管理不完善,单位的发展建设缺乏活力和动力的现状,提出构建S事业单位内部控制系统的设想。结合S事业单位自身的特点和实际需要,从内部控制目标、内部控制机制、内部控制环境、内部控制活动、内部控制报告、内部控制评价六要素构建S事业单位内部控制系统,并对每个要素的控制内容做了针对性的方案设计。最后得出结论：建立健全S事业单位内部控制系统,强化内部控制管理,是推动该单位事业发展的关键因素和有力方式。研究和解决该问题不但对S事业单位的进一步发展有重要意义,而且能为相关事业单位管理体制机制改革提供新的参考思路。