近代自然科学的诞生以天文学的革命为开端，哥白尼、开普勒、伽利略等人都为新天文学的建立做出了卓越的贡献。伽利略的审判曾将科学和宗教置于水火不容的地位，宗教似乎成为新科学诞生最主要的障碍，然而回顾历史，我们发现，实际情况是相当复杂的。伽利略的审判事件是由很多因素综合造成的，其中最为关键的因素是亚里士多德知识体系与新科学--哥白尼天文体系之间的冲突。新科学体系通过与亚里士多德体系的对比，其面貌逐渐显现出来：新科学将实验与数学分析紧密结合，研究的是物质、运动和规律等外在联系；在天文学运动之后，不同领域内的新发现不断涌现，最终形成差异化的各门学科；新科学的研究平台，由学院内向学院外扩展，最终由大学和学会组成。 新科学的发展及最终形成不仅需要科学家的伟大洞见，更需要广泛的社会支持，在近代自然科学诞生之时，宗教改革运动给以其巨大的发展动力，这一点与一般流行的观点同，在科学诞生之初，科学与宗教有着复杂而深刻的联系。宗教改革运动主旨是遏制天主教会的权威，却在客观上促进了科学的发展，使科学研究活动获得了神圣的根据，新教思想也成为引导科学家开展科学活动的精神内驱力。 宗教改革者们将《圣经》视为最高权威，任何人都有权通过《圣经》与上帝沟通，而无须借助教会。这促使教育在新教改革的国家得到普及，为新科学的发展造就了一个理性的背景。宗教改革领袖加尔文为阐释《圣经》所提出的“顺应论”思想，成为了新科学与宗教矛盾的调解器。新教徒们利用“顺应论”的方法积极为新天文学辩护，使得新科学在欧洲得以广泛传播。宗教改革后，新教成为欧洲社会的主要力量，形成了新的文化价值理念，影响着社会生活的方方面面。在英国，“皇家学会”的建立标志着科学建制的开始，若没有在此之前英国清教徒曲折的改革运动，旧有的知识权威衰落，就不会允许新的学术机构的产生，更不会允许自由的学术和自由科学家的产生。清教主义的功利主义原则使科学研究活动成为颂扬上帝的手段，科学研究的合法性得到圣神的保障。清教主义的理性思潮与培根经验主义相融合，使得清教主义文化呈现出与近代科学精神的一致性。 随着科学的发展，新的世界观--机械论世界观取代了传统的有机论世界观。在此之前，可以说宗教保障了科学的合法性，在此之后，基督教在神学方面积极促进与科学的融合。牛顿力学体系的建立，迫使基督教进行理性重建，自然神论和泛神论相继兴起。康德哲学为科学和宗教划定了不同的范围，二者分属不同的领域。科学的独立性得到了宗教的承认。然而，19世纪后达尔文的进化论又使二者的关系微妙起来。但此时，科学已完成社会建制，其发展不再寻求宗教的保护。反之，基督教却不断调整教义以适应科学的不断进步。