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本研究采用形态学（传统和框架可量性状,地标点）和微卫星标记2种技术对广东地区12个草鱼群体455尾鱼进行遗传多样性分析,包括1个良种场原种群体（韶关始兴,L-始兴）、3个种苗场鱼苗群体（河源灯塔,M-河源;中山三角,M-中山;台山,M-台山）、5个养殖场成鱼群体（英德连江口,Y-英德;河源柳城,Y-河源;珠海,Y-珠海;中山板芙,Y-中山;茂名鳌头,Y-茂名）和3个野生草鱼群体（北江,YE-北江;东江,YE-东江;西江,YE-西江）。3个种苗场鱼苗群体的分析结果如下:1)形态学方面:M-河源群体吻长最长（p<0.05）,M-中山群体体高最高（p<0.05）,M-台山群体尾柄高最高（p<0.05）;地标点法显示,M-中山和M-台山在形态上更相似,呈现头小躯干大的体形,且M-台山群体体型较M-中山群体修长,更符合现市面对草鱼体形审美的需求。2)微卫星标记方面:3个群体的平均多态信息含量（PIC）为0.823,具有高度遗传多态性（PIC>0.5）,M-台山（PIC=0.726）群体低于M-中山群体（PIC=0.817）和M-河源群体（PIC=0.808）;3个群体在种群间、种群内和个体间遗传分化显著（p<0.05）,M-台山群体与M-中山和M-河源群体处于中度遗传分化水平(0.05<FST<0.15);从遗传距离、聚类分析和遗传结构看,相对来说M-河源和M-中山群体亲缘关系最近,M-台山群体与两者有一定的遗传距离。5个养殖场成鱼群体的分析结果如下:1)形态学方面:Y-茂名群体体重最大（p<0.05）,Y-中山群体头长和吻长最长（p<0.05）,Y-英德群体眼径最大（p<0.05）,Y-珠海群体眼间距最大（p<0.05）,Y-河源群体尾柄长最长（p<0.05）;地标点法显示,Y-中山群体头部长,Y-河源和Y-珠海群体头部短小。总体5个群体在形态上没有明显的差异。2)微卫星标记方面:5个群体的平均多态信息含量（PIC）为0.839,具有高度遗传多态性（PIC>0.5）,Y-茂名群体最高（PIC=0.843）,Y-中山群体最低（PIC=0.800）;5个群体在种群间、种群内和个体间遗传分化显著（p<0.05）,但Y-河源和Y-中山群体之间无显著的遗传分化（p>0.05）。3个野生群体的分析结果如下:1)形态学方面:YE-东江与YE-西江群体在体重、体高和头长等8项传统可量性状上皆有显著差异（p<0.05）;地标点法显示,YE-北江群体头小,躯干大,YE-西江群体头大,躯干修长。2)微卫星标记方面:3个野生群体的平均多态信息含量（PIC）为0.835,具有高度遗传多态性（PIC>0.5）;3个群体在种群间的遗传分化不显著（p>0.05）,在种群内和个体间遗传分化显著（p<0.05）,YE-北江群体和YE-西江群体间遗传分化显著（p<0.05）,但遗传分化程度低(FST<0.05)。12个群体的分析结果如下:1)形态学方面:地标点法显示,Y-珠海、L-始兴、Y-英德、Y-茂名、M-河源和Y-河源群体头大身体小,其余群体与之相反。2)微卫星标记方面:12个群体的平均多态信息含量（PIC）为0.839,具有高度遗传多态性（PIC>0.5）,Y-茂名养殖场群体最高（PIC=0.843）,M-台山种苗场群体最低（PIC=0.726）;12个群体在种群间、种群内和个体间遗传分化显著（p<0.05）,但YE-东江群体仅与其中3个群体（L-始兴群体、M-河源群体和M-台山群体）有显著的遗传分化（p<0.05）;从遗传距离、聚类分析和遗传结构看,除M-台山种苗场群体外,其余群体间遗传距离小,亲缘关系近。综上所叙述,广东地区各草鱼群体的形态差异不大,遗传多态性高,遗传距离和遗传分化小,遗传结构相似。