随着大众化教育进程的加快,我国高等教育的规模也迅速扩大。二十世纪90年代以来,我国诸多高校经历了合并扩张的历程,在合并办学的过程中,校院二级管理模式逐渐盛行,“二级管理、院为基础”的校院二级管理模式的学校管理体制的改革,成为了人们关注的焦点。校院二级管理体制,是高校内部管理体制深化改革的必然结果,也符合我国社会主义建设需求。这种管理模式,强调政府放权、高校内部资源配置高效化,使学校的资源在统一配置的基础上,提高效益。二级学院模式引发的权力下放,使得学院成为了重要的权责实体。基于上述的认识和思考,本文以进行财务预算绩效评价的理论为基础,对相关国内外文献进行收集和整理,发现基于校院二级管理的高校需要财务预算绩效评价体系的研究依然具有很大的空间,进而开始进一步的研究,对当前高校学院财务预算存在的问题进行实证调查,得出高校学院财务管理存在的问题并进行分析,并得出了构建基于校院二级管理的高校学院财务预算绩效评价体系的重要性,接下来,开始收集和整理有关财务预算绩效评价的文献,以各类期刊以及学术论文作为本文研究的前提,筛选财务预算绩效评价体系指标,并通过问卷调查和与各专家的沟通为基础进行论证,进而建立评价体系,并据此分析高校学院的财务预算状况。根据所建立的评价体系,论文对J高校学院进行了实证研究,并验证了该项指标体系的适用性,并对高校学院财务预算绩效的提高提供了对策。