【摘 要】
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[目的]利用高通量测序技术获得大青的转录组信息特征.[方法]通过高通量测序平台Illumina HiSeqTM 2500对大青进行转录组测序,采用Trinity软件de novo组装获得Unigene,并基于序列同源性对Unigene进行功能注释,得到大青转录组的遗传信息.[结果]测序数据经过质控后共获得26394223个高质量的Reads,通过de novo组装获得100191个Unigene,N50长度为1055 bp,平均长度724.4 bp.其中59690个(59.58％)Unigene在NR、S
【机 构】
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广东省农作物遗传改良重点实验室/广东省农业科学院作物研究所,广东广州 510640;广东罗浮山国药股份有限公司,广东惠州 516100
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[目的]利用高通量测序技术获得大青的转录组信息特征.[方法]通过高通量测序平台Illumina HiSeqTM 2500对大青进行转录组测序,采用Trinity软件de novo组装获得Unigene,并基于序列同源性对Unigene进行功能注释,得到大青转录组的遗传信息.[结果]测序数据经过质控后共获得26394223个高质量的Reads,通过de novo组装获得100191个Unigene,N50长度为1055 bp,平均长度724.4 bp.其中59690个(59.58％)Unigene在NR、SwissProt、KOG、GO、KEGG数据库中均得到注释.其中KEGG数据库注释到38260个Unigene,涉及136条代谢通路.在大青转录组中共鉴定到407个Unigene参与萜类化合物的生物合成,165个Unigene涉及类黄酮生物合成,29个Unigene参与黄酮和黄酮醇生物合成,37个Unigene参与异黄酮生物合成,同时,还鉴定到210类转录因子.MISA分析发现6680个Unigene包含8640个简单重复序列.[结论]利用高通量测序技术和生物信息分析获得了大青的转录组信息特征,这些数据可为后期开展功能基因鉴定、解析黄酮类化合物次生代谢途径及其调控机制奠定研究基础.
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