中国现行土地承包经营权制度存在的突出问题是制度功能超载和法律权能缺失并存。相关法律和政策为了同时满足国家、社会、集体和个人等不同利益主体的多样性诉求,赋予了土地承包经营权以政治性、社会性和经济性等涵盖面极为广泛的多种制度功能。不同制度功能所追求的价值目标各异,导致相互之间的结构性冲突难以避免,由此不仅进一步加剧了农村内部的结构性紧张局面,也使得功能超载成为土地承包经营权制度不能承受之重。另一方面,土地承包经营权在实体法、程序法和特别法意义上的具体法律权能缺位严重,对权利主体的保护效能明显不足,反过来又大大制约了其制度功能的有效发挥。变革的目标就是要在纯化土地承包经营权制度功能的同时,最大限度地实现其作为独立物权的各项法律权能,将土地承包经营权真正打造成具有确定法律含义和健全权能体系的民事权利。这种功能转型和权能实现不仅是还原土地承包经营权之独立物权属性的客观基础,也是农村社会管理创新的应有之义。