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微生物分子生态学是分子生物学与微生物生态学交叉而形成的学科，对于认识微生物生态系统组成结构、功能、微生物之间以及微生物与环境之间的相互关系具有重要意义。本文以微生物分子生态学研究方法作为切入点，对目前广泛使用的微生物分子生态学研究技术和方法进行综合介绍、分析和总结，对各种方法的优缺点和应用进行评论，以期为认识和调控生态系统的微生物群落提供参考。