【摘 要】
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为深入了解云南省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）的流行现状及现有疫苗株的保护效果，从2017—2022年云南省PEDV感染临床阳性样品中扩增出9份样品的PEDV S1基因，利用生物信息学方法，对9份样品S1基因进行了遗传进化树构建、同源性分析和氨基酸突变位点分析等。结果显示：2份样品位于G1基因群，其余7份位于G2基因群的G2b基因亚群。
【基金项目】
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兽医公共卫生省创新团队项目（202105AE160014）； 国家重点研发计划专项（2017YFD0500105）； 云南农业大学德宏养瑞牛科技小院项目；
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为深入了解云南省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）的流行现状及现有疫苗株的保护效果，从2017—2022年云南省PEDV感染临床阳性样品中扩增出9份样品的PEDV S1基因，利用生物信息学方法，对9份样品S1基因进行了遗传进化树构建、同源性分析和氨基酸突变位点分析等。结果显示：2份样品位于G1基因群，其余7份位于G2基因群的G2b基因亚群。7份G2b基因亚群样品的核苷酸和推导氨基酸同源性较高，与G2基因群的AJ1102和L/W/L疫苗株处于不同基因亚群且同源性较低，并在第13、139、289和363位发生了不一致的突变位点；与现有疫苗株相比，在抗原中和位点COE区域以及其他区域，有明显的抗原性变化。结果表明：云南省存在G1基因群和G2b基因亚群PEDV同时流行，但以G2b基因亚群为主；流行株和疫苗株间存在较远的遗传和亲缘关系，以及氨基酸突变和抗原性差异，这很可能是导致目前PED控制不理想的原因，因此需要研发安全有效的疫苗。
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