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达尔文在《物种起源》中区分了自然选择学说包括的两种不同的原理：适应原理和性状分歧原理。他对类比方法的应用也有两种：一是类比论证，二是发现的启发法。关于适应原理的类比只起到了启发法的作用，达尔文对这种类比的理解是假说一演绎主义的；关于性状分歧原理的类比是一种归纳推理，达尔文对这种类比的理解是归纳主义的。