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本研究对2014年4月至2017年8月烟台市两家哨点医院流感样病例采集咽试子标本，分离流感病毒，血凝抑制实验分型并对甲型流感HA基因序列测定，进行系统发生学分析及主要氨基酸位点变异分析，Pepitope模型评估甲型流感疫苗保护效果。结果显示：仅H3N2甲型流感病毒抗原性发生变异；甲型H1N1pdm09流感毒株8株属于6B.2，14株属于6B.1基因亚型，H3N2流感毒12株属于3C.3a基因亚型，33株属于3C.2a基因亚型；甲型流感病毒HA蛋白多个抗原位点、潜在糖基化位点发生变异；2015—2016和2016—2017年监测季甲型H1N1pdm09流感病毒的疫苗保护效果分别为最佳匹配疫苗的77.29%和79.21%；2014—2015、2015—2016和2016—2017年流感监测季甲型H3N2流感病毒的疫苗保护效果分别为最佳匹配疫苗的-5.18%、16.97%和42.05%。表明2014—2017年烟台地区甲型流感病毒持续发生基因变异，H3N2流感疫苗保护性较差而甲型H1N1pdm09流感疫苗具有较好的保护作用。