【摘 要】
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目的 评价dapb1基因对诺卡菌属系统分类和物种鉴定的能力。方法 从公共数据库中获得230株菌株（198株诺卡菌属菌株和32株非诺卡菌属菌株）基因组序列，从198株诺卡菌（90株模式菌株、31株标准菌株和77株临床菌株）基因组中提取dapb1基因，采用clustalo进行多序列比对，并用iqtree构建系统发育树。计算全基因组平均核苷酸一致性（average nucleotide identity
【机 构】
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中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室
【基金项目】
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生物安全重点专项课题（No.2019YFC1200700,No.2019YFC1200601）； 国家自然科学基金（No.82073624）~~；
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目的 评价dapb1基因对诺卡菌属系统分类和物种鉴定的能力。方法 从公共数据库中获得230株菌株（198株诺卡菌属菌株和32株非诺卡菌属菌株）基因组序列，从198株诺卡菌（90株模式菌株、31株标准菌株和77株临床菌株）基因组中提取dapb1基因，采用clustalo进行多序列比对，并用iqtree构建系统发育树。计算全基因组平均核苷酸一致性（average nucleotide identity, ANI），并对16S rRNA序列进行PCR扩增，扩增片段经纯化后测序，与dapb1基因鉴定结果进行比较。结果 基于dapb1基因对诺卡菌模式菌株构建系统发育树，90株诺卡菌模式菌株被分为5个进化分支，种间相似度为73.80%～97.74%，平均相似度为82.40%。将该方法应用于31株诺卡菌标准菌株和77株临床菌株，结果显示16S rRNA基因与ANI一致率为77.7%，而dapb1基因与ANI一致率为100%,dapb1基因比16S rRNA基因具有更高的分辨率和准确性，可对诺卡菌进行准确的定种。其98.08%的序列相似度可作为诺卡菌菌种鉴定的界值。结论 dapb1基因具有良好的种间分辨率，可对诺卡菌进行快速、准确的定种，能够真实反映诺卡菌种间的系统发育关系，可应用于诺卡菌菌群遗传结构分析、暴发溯源和流行株的传播监测。
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