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为了更好地测量我国千万级机场的运行效率,构建了一种具有子系统偏好的并行网络DEA模型,将机场分成客运、货运两个并行子系统来进行评价,最大化机场整体的运行效率,再根据决策者偏好顺序,分阶段求解两个子系统的运行效率,解决了权重算子不唯一的问题。并对我国千万级以上机场2015—2019年的运行效率进行了评价,发现机场总体效率与货运子系统相对较低,并提出有针对性的改进建议。