2006年国家对农民取消农业税并且对农民种地给予各種形式的补贴政策，农民的负担得到进一步的减轻，生产积极性得到进一步的提高，农业生产力获得进一步发展。但财政和行政管理的集权化改革所处理的体制性问题所产生的症状，却没有完全消除。与税费改革相配套，中央已经开始对农村基层政府治理模式进行综合改革的探索。因此，如何通过改革提高基层政府在农村的政治威信已成为首先需要迫切解决的问题。进一步的改革必须重视和处理好以下几方面的问题：
　　第一，在财政投入体制方面。为缓解地方财政严重不足，中央近年来加大了对农业和农村的财政投入，特别是对落后地区和农业主产区的投入。在目前的政府间财政体制下，上级之所以不倾向于使用一般性转移支付，在一定程度上就是为了防止地方政府把上级转移支付挪作他用，比如用于低效的人头费开支。但一旦转移支付都成为被明确规定用途的专项转移支付时，由于上级政府并不如地方政府了解本地公共服务的真正需求，转移支付对当地需要的拟合程度就大大下降。特别是由于这些专项资金在分配过程中的灵活性要远远大于一般性转移支付，地方政府有很强激励通过跑“部”“钱”进、“样子工程”等方式来争取资源，结果往往是财政支出难以给农民带来实际好处。更进一步来看，在一个地方政府缺乏对本地百姓充分问责，上级控制主要财政资源但未必了解各地实际需要的集权体制下，并不存在一个制度性的机制来确保上级财政资源的有效使用。总之，单纯增加农村公共财政投入的方式，由于现行财政投入体制的缺陷，对于增强农民对基层政府的政治信任是非常有限的。
　　第二，在农村的征税工具改革方面。农业税的免除并不等于农村的各类公益款项的征收工作就不存在了，大量的农村社会服务依旧要通过农民缴纳资金来实现，中央要求农村的此类集资须通过“一事一议”实现。但是，“一事一议”在众多的村都难以开展起来，乡镇干部的提议往往难以得到多数村民的支持。而税改和农民的税费拖欠行为使征收直接税的模式难以为继，这导致地方政府日益依赖以工商业为税基的间接税。但完全依靠这些间接税不仅会产生扭曲价格的效率损失，也会扭曲基层政府提供公共服务的动机。无论是“一事一议”的筹资机制，还是开征新的地性税种，都需要以更规范的民主财政体制的建立为前提，否则都难以达到目的。
　　
　　第三，在行政体制改革方面。伴随着中央的集权化改革，地方政府也开始调整县乡的行政管理体制。比较多见的几项改革包括：合乡并镇、站所管理垂直、乡财县管等。这些行政改革的基本特征是弱化乡镇政府的权力，从上而下地加强控制。但是，这些改革带来的后果，是本来就由上级任命的乡镇政府领导的财权和行政管辖权都被上收，其工作的积极性必然会受挫。而各类县垂直管理的站所，人事与工资安排都在上级，同样难以确保其为所在乡镇服务的主动性。加上不同派出机构间相互协调困难，多头为政乃至相互掣肘的问题也日益凸显。类似行政体制调整的局限性是显而易见的，尚不足以切实提高乡镇政府的服务效率。如何使得基层政府得到农民的拥护，还需要深入探索。值得注意的是，乡镇体制改革在不同的地区已有不少创新，例如乡镇党委、政府的直接选举、乡镇事业单位的市场化经营、加强乡镇人大对财政的监督职能等。类似体制的创新已经取得了一定的实际效果，值得进一步考察、研究乃至推广。