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公立医院实施绩效管理一直是医院的重点和难点，它可以有效地提高医院服务质量和效率，管控科室成本，完善成本核算体系。在新医改政策和行业公立医院转型期的背景下，成本管控意识缺乏，资源浪费诸多问题显现，如何有效平稳过渡，全面提升医院综合竞争力，绩效改革就成为首当其冲的一个手段。本文以云南省中医药大学第二附属医院绩效改革为例，以转型为契机，深入调研、大胆尝试，探索医院绩效管理存在的问题并提出对策进行绩效改革，并就绩效改革对医院成本核算的影响进行了分析。