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几乎所有的病原体均有DNA或RNA基因组，测序技术理论上可有效检测出所有病原体基因组，从而为感染性疾病的病原学诊断提供帮助。下一代测序(Next generation sequencing，NGS)或高通量测序，自2005年问世以来，随着技术的成熟和运用，其低成本、高效率、高准确性的特点使之成为临床鉴定病原体微生物的有利技术平台。宏基因组二代测序(Metagenomicnext generation sequencing，mNGS)作为一项新的测序技术，在感染性疾病中，特别是常规诊断方法存在局限性的领域，如新发传染病、少见疾病等，对提高诊断效率和准确性有巨大的潜力。本文介绍了高通量测序常见平台及测序原理，综述了mNGS检测在不同病原微生物导致的感染性疾病中的临床应用及其优势，反思其局限性，并寻求可能的解决方案。