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近年来，随着职业教育的高速发展，高职院校的科技体制改革逐渐迈向了深水区。而在科技体制改革的进程中，科研评价占据着重要的地位，也是科研管理非常重要的组成部分。对科学的科研评价体系进行研究，成为科研工作中一项重要的课题。具体分析现阶段唯项目、唯论文、重数量轻质量、重专利授权轻专利转化应用、重期刊等级轻论文实际价值等现状，深入剖析高职院校科研评价工作过程中导致定位模糊、评价标准单一、评价周期较短等问题的深层原因，在此基础上提出树立正确的科研评价导向、实施多层次分类评价、完善专家评审机制、加强科研成果转化应用等构建新时期高职院校科研评价体系的对策与建议。