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DNA序列基于k-字的数值刻画及其应用
DNA序列基于k-字的数值刻画及其应用
来源 :生物信息学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:andy630767963
【摘 要】
:
借助DNA序列中k-字的频数,将序列转化成一个340维向量,进而计算物种间的进化距离。作为应用:分别以15个物种的β球蛋白基因、13种汉坦病毒的S片段以及26个闭壳龟线粒体基因为例,
【作 者】
:
刘俊宏
李春
【机 构】
:
渤海大学数理学院
【出 处】
:
生物信息学
【发表日期】
:
2013年2期
【关键词】
:
k-字
340维向量
系统发生树
k-words
340-D Vector
Phylogenetic Trees
【基金项目】
:
国家自然科学基金项目(11171042),辽宁省高等学校杰出青年学者成长计划(LJQ2011122).
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借助DNA序列中k-字的频数,将序列转化成一个340维向量,进而计算物种间的进化距离。作为应用:分别以15个物种的β球蛋白基因、13种汉坦病毒的S片段以及26个闭壳龟线粒体基因为例,构建系统发生树,所得结果与前人的结论一致,说明了该方法的有效性。
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