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1998年国务院机构改革以后，原国家环保总局承担了城乡环境整治、农村环境保护的职能，农业部则保留了组织拟订农业生态环境和农村可再生能源发展战略、政策措施、规划计划，以及承办实施科教兴农与农业可持续发展战略的有关其他。但部门之间的职能划分不清，上下级协调不顺的问题仍然存在。因此，创新农村环境管理体制是我国实现农村环境建设和污染治理的根本保证。