经测序获得厚唇裸重唇鱼渭河亚种Gymnodiptychus pachycheilus weiheensis和厚唇裸重唇鱼指名亚种G.pachycheilus pachycheilus共37尾的线粒体细胞色素b基因全序列,以同属的新疆裸重唇鱼G.dybowskii和全裸裸重唇鱼G.integrigymnatus作为整体分析遗传距离,并利用斑重唇鱼Diptychus maculatus、双须叶须鱼Ptychobarbus dipogon、极边扁咽齿鱼Platypharodon extremus、花斑裸鲤Gymnocypris eckloni和齐口裂腹鱼Schizothorax prenanti作为外类群,构建了裂腹鱼亚科部分种分子系统发育树,以探讨厚唇裸重唇鱼渭河亚种的分类地位。结果显示,厚唇裸重唇鱼渭河亚种与同属其它3种鱼基于Kimura 2-parameter模型的平均遗传距离分别为8.30%、11.11%和18.95%,均远大于厚唇裸重唇鱼渭河亚种(0.14%)和厚唇裸重唇鱼指名亚种(0.24%)种内单倍型之间的平均遗传距离,与其它属种间序列差异相比较,厚唇裸重唇鱼渭河亚种与同属其它种间均已达到了种级分化水平;以邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建的系统发育树表明,厚唇裸重唇鱼渭河亚种构成一个小的单系群,并且自引导值较高(99%和100%),揭示与其它种已有明显分化;厚唇裸重唇鱼渭河亚种与同属其它几种的分布区相互独立,没有重叠;形态差异稳定。地理分布、形态特征和遗传特征均验证了厚唇裸重唇鱼渭河亚种与同属其它3种鱼差异显著,本文将厚唇裸重唇鱼渭河亚种提升为种,即渭河裸重唇鱼Gymnodiptychus weiheensis Wang et Song。