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为适应口岸单抱子虫快速、准确、高通量检测的需求，建立一种基于PCR及焦磷酸测序技术平台的单孢子虫鉴定方法。以OIE推荐的PCR扩增方法获得单孢子虫特异基因，根据此基因的保守序列利用焦测序软件PyroMark Q96ID设计专用引物进行PCR扩增及焦磷酸测序，测得序列经比对分析确定为单孢子虫序列。同时采用PCR焦磷酸测序方法和OIE推荐的PCR方法对牡蛎样品进行检测。结果表明，所建立的检测方法可从基因序列水平上准确鉴定牡蛎样品中的单孢子虫，且检测结果与OIE方法的检测结果一致。