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科研机构的科学评价对资源的合理配置及科研产出的提高作用很大。但机构的不同领域、不同学科的特点使得机构之间难以比较，DEA正好是解决这一问题的有效方法。针对科研机构评价中应用标准CCR模型及其变形、偏好CCR模型等问题进行了分析，给出了解决方案，特别针对偏好CCR模型评价信息不够丰富的弱点，提出了偏好BCC模型，结合这两种偏好模型，可进行技术效率、纯技术效率、规模效率、规模收益状况的分析。最后将此模型应用于中科院高技术类研究所的科研相对效率评价，得出对决策者有启示的结论。