通过长江口赤潮多发区2003年～2005年的有毒藻类和贝类原产地赤潮毒素的监测,初步结果表明该海域存在多种潜在有毒藻类,主要包括产麻痹性贝毒(PSP)的链状亚历山大藻、塔玛亚历山大藻,产腹泻性贝毒(DSP)的渐尖鳍藻、具尾鳍藻、倒卵形鳍藻;产记忆缺失性贝毒(ASP)的尖刺拟菱形藻(Pseudo-Nitzschiapungens)、多列拟菱形藻、柔弱拟菱形藻和多纹拟菱形藻;产神经性贝毒(NSP)的短凯伦藻,其他有毒有害藻类包括红色裸甲藻，米氏凯伦藻等其他有毒藻类.有毒藻类种类5、6月份较多,产腹泻性贝毒(DSP)和产记忆缺失性贝毒(ASP)的潜在有毒藻类常年均在该海域出现,这些有毒有害藻类多数密度并不高,Heterocapsacircularisquama曾在2003年和2005年两次形成赤潮,并导致部分养殖贻贝死亡,米氏凯伦藻于2005年5～6月在长江口海域形成大规模赤潮,并导致养殖鱼类死亡.与有毒藻类监测同步开展了赤潮毒素检测,长江口贝类赤潮毒素检出时段主要集中在5～8月份,麻痹性贝毒和腹泻性贝毒的检出率分别为5﹪和15﹪左右,敏感种类为养殖的紫贻贝。