【摘 要】
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目的 明确草果Amomum tsao-ko叶绿体基因组结构特征及其在姜科的进化地位.方法 利用Illumina Hiseq 4000测序平台对草果叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析,并以绿苞闭鞘姜为外类群,通过MEGA6软件构建ML系统发育树,分析姜科物种间系统发育关系.结果 草果叶绿体基因组全长163648bp,鸟嘌呤和胞嘧啶含量(guanine-cytosine content,GC)为36.0％,包括一对29776bp的反向重复区(IRs)、一个大单拷贝区(LS
【机 构】
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云南省高校滇南特色生物资源研究与利用重点实验室,云南蒙自661199;红河学院生物科学与农学学院,云南蒙自661199
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目的 明确草果Amomum tsao-ko叶绿体基因组结构特征及其在姜科的进化地位.方法 利用Illumina Hiseq 4000测序平台对草果叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析,并以绿苞闭鞘姜为外类群,通过MEGA6软件构建ML系统发育树,分析姜科物种间系统发育关系.结果 草果叶绿体基因组全长163648bp,鸟嘌呤和胞嘧啶含量(guanine-cytosine content,GC)为36.0％,包括一对29776bp的反向重复区(IRs)、一个大单拷贝区(LSC,88741 bp)和一个小单拷贝区(SSC,15355 bp);共注释得到113个基因,包括4个rRNA基因、30个tRNA基因和79个蛋白编码基因;在草果叶绿体基因组中共检测到123个SSR位点,大部分SSR均由A和T组成;豆蔻属物种叶绿体基因组大小和结构相似,IR边界高度保守;聚类分析显示草果与豆蔻属的海南砂A.longiligulare、阳春砂A.villosum、绿壳砂A.villosum var.xanthioides、爪哇白豆蔻A.compactum和白豆蔻A.kravanh亲缘关系最近;适应性进化分析发现rpl20、rps11、ccsA、clpP、ycf1和yct26个基因在进化过程中被正向选择.结论 获得了完整的草果叶绿体基因组序列,明确了姜科物种间的亲缘关系,为研究豆蔻属植物的系统进化及物种鉴定提供科学依据.
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