目的检测粪肠球菌和屎肠球菌的耐药表型及多种耐药基因。方法琼脂稀释法测定抗菌药物对肠球菌的最小抑菌浓度(MIC);聚合酶链反应(PCR)检测tetM、ermB、TEM、mefA、aac(6′)aph(2″)、ant(6)Ⅰ基因。结果屎肠球菌对氨苄西林、青霉素G、红霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、青霉素的耐药率分别为94.1%、100%、94.1%、88.2%、94.1%、85.3%,均高于粪肠球菌的12.5%、59.4%、78.1%、43.8%、68.8%、18.8%;对氯霉素的耐药率17.6%低于粪肠球菌的40.6%,但中介率已达64.7%,高于粪肠球菌中介率46.9%;肠球菌高水平庆大霉素耐药(HLGR)和高水平链霉素耐药(HLSR)检出率高,屎肠球菌中HLGR、HLSR的比例88.2%、67.6%分别高于粪肠球菌的68.8%、50.0%;全部肠球菌对万古霉素敏感。肠球菌中耐药基因检出率高,屎肠球菌中ermB、TEM、aac(6′)aph(2″)、ant(6)I分别为76.5%、26.5%、91.2%、64.7%,高于粪肠球菌的62.5%、0.0%、75.0%、62.5%;tetM的检出率38.2%低于粪肠球菌的43.8%;全部肠球菌未检出mefA基因。结论肠球菌对多种抗菌药物耐药率较高,屎肠球菌耐药比粪肠球菌严重。