目的:建立芸香科柑橘属毛橘红、光橘红、陈皮、青皮、枳壳、枳实6种临床常用理气类中药黄酮类成分的液相色谱(HPLC)指纹图谱,分析比较其指纹特征差异性,为柑橘属常用中药的谱效相关性研究和临床用药合理性提供科学依据。方法:以C18色谱柱为分析柱,流动相甲醇-水(含冰乙酸)梯度洗脱,制备同一色谱条件下6种药材的HPLC指纹图谱。结果:6种常用中药按照植物化学分类学方法被分为柚皮苷型和橙皮苷型。根据色谱峰保留时间,毛橘红、光橘红共标出15个共有峰;陈皮、青皮、枳壳、枳实共标出10个共有峰。全部药材共标出5个共有峰。毛橘红与光橘红色谱图与共有模式的整体相似度在0.928 5～0.996 2,相似度较高。陈皮、青皮、枳实三者色谱图与共有模式的整体相似度在0.922 1～0.997 3,相似度较高。而枳壳与共有模式的相似度仅为0.454 7～0.773 3。结论:建立的柑橘属6种常用中药黄酮类成分指纹图谱,可以直观的比较出谱图间的差异,同时各特征峰峰高及峰面积也存有显著区别,与这6种药材在临床应用中理气功能异同的关联尚待研究。