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表观遗传学是研究DNA序列没有发生改变的情况下基因表达的遗传变化。研究表明DNA甲基化异常可能与系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematosus，SLE）发病有关。DNA调节序列的低甲基化与B和T淋巴细胞的激活与分化有关。SLE患者血浆中低甲基化基因组DNA片段，可能模仿了微生物DNA，诱导了抗dsDNA抗体的生物合成。HERV序列、外源性逆转录病毒和核抗原显示出极度的同源性。外源性逆转病毒能够识别HERV抗原，增加抗DNA抗体的产生。针对病毒抗原的免疫反应可能被扩展到其他抗原，如