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用于生物序列比对的经典动态规划算法是用一个固定的替换矩阵来逐点计算生物序列间的代价。这些方法可用来发现具有最大计分值的比对结果，但实际上，则更加倾向于考虑生物序列中所隐含的结构或功能信息．本文用可变长马尔科夫链方法来发现生物序列中所隐含的结构或功能信息子片断并定义其权值，最后提出一个新的基于结构信息的生物序列比对方法．