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大量的人体微生物组成了一个微生物区系,其中大多数为非可培养微生物。宏基因组的方法即非培养基因分析法是近年来发展起来的新方法,可以有效地获知绝大多数人体微生物的基因多样性、种群结构及生态作用。在人体微生物研究中,宏基因组学可以用来发现新病原、抗性基因研究、疾病相关代谢研究和建立人体健康模型。