目的 分析两个流行性感冒(流感)流行季甲型H1N1流感病毒pdm09和H3N2流感病毒的核苷酸和氨基酸变异特点.方法 在2012年12月至2013年2月和2013年12月至2014年2月两个流感流行季,对反转录PCR证实的54株流感病毒株进行分型和血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)扩增并测序,从GenBank获得2009年以来全球范围包括北京地区的甲型H1N1流感病毒pdm09和H3N2流感病毒序列,用Bioedit7.09和Mega5.05软件进行比对并构建系统进化树.结果 共分离到甲型H1N1流感病毒pdm09 35株,H3N2流感病毒19株.甲型H1N1流感病毒pdm09株的HA和NA基因在进化树上的聚集情况基本一致,2012年至2013年的H3N2流行株位于3C亚群.北京地区2009年至2014年甲型H1N1流感病毒pdm09表面抗原HA和NA氨基酸差异分别为0.3％～15.2％和0.5％～3.3％;2012年至2013年的HA抗原表位发生L178I、S202T和H155Q/R位点突变,分别位于抗原表位Sa、Sb和Ca; 2013年至2014年又新增K180Q和G187E位点突变.2009年至2014年H3N2流感病毒表面抗原HA氨基酸差异为0～7.8％,与疫苗株A/Texas/50/2012相比,北京地区2012年至2014年H3N2流感病毒表面抗原HA氨基酸差异为0～0.7％.2012年至2013年H3N2流感病毒HA抗原表位突变位点为R158K/G、N161S和P214S,位于抗原表位A和B;2013年至2014年新增I208V和I64V突变位点.未发现奥司他韦耐药毒株.结论 2012年至2014年北京地区甲型流感病毒发生新的位点突变,历年流行的病毒株表面抗原(尤其是HA)差异范围较大。