从分子水平上探讨1999~2015年中国大陆流行的风疹病毒动态变异变迁规律。方法依据全国麻疹/风疹实验室网络的风疹病毒学监测数据,对1999~2015年中国流行风疹病毒进行分子进化分析。1999~2015年从全国29个省市(除新疆和西藏外)共获得风疹病毒株1737株,分属于4个基因型(1E,1F,2A和2B基因型):11E基因型风疹病毒自2001年首次分离到之后,替代1F基因型风疹病毒成为2001~2013年中国流行风疹病毒的优势基因型,并从年代上可分为两个进化分支[Cluster A(2004-2015)和Cluster B(2001-2009)],然而自2011年其检出比例逐渐下降,至2015年该比例仅为1.3%;21F基因型风疹病毒在地理上局限于中国,而在2002年之后未再监测到,推测其在中国的传播可能已被阻断;32A基因型风疹病毒株均来自于疫苗相关病例;42000~2015年间中国至少有4个不同的2B基因型风疹病毒传播链(Lineage1-4),2B基因型风疹病毒在2010年之前只有零星的流行,一直处于弱势,但自2011年输入型2B基因型风疹病毒(Lineage 3)的检出构成比逐年增高,并在2014~2015年成为中国流行风疹病毒的主要基因型。通过对中国连续16年风疹病毒变异变迁规律的研究,系统地掌握了其进化和流行规律,同时也为中国风疹控制和将来消除提供了重要的病毒学监测数据。