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针对传统工艺制备新疆馕的不足之处，采用烤箱方式制备馕，并对自制馕和5种市售馕的氨基酸成分、风味物质和红外光谱进行分析。结果表明，所有样品中共有17种氨基酸，其中自制馕的总氨基酸含量均高于市售的馕，且市售馕之间也存在差异（P＜0.05）；自制馕和市售馕中共有18种风味物质，与市售馕相比，酮类、酯类和有机酸化合物在自制馕中未发现；傅里叶变换红外光谱仪（Fourier Transform Infrared Spectrometer,FTIR）分析显示自制馕中部分基本官能团特征峰的强度略低于市售馕，且峰位置没有变化，自制馕与市售馕之间的二级结构均以β-折叠和β-转角含量为主，但二级结构的百分含量有所差异，从而馕的品质也有所不同。