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对青岛和厦门黄姑鱼群体的遗传多样性进行了AFLP分析，5对选择性引物在两个群体47个个体中，共扩增出461个位点，多态位点265个。青岛和厦门群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为51．70％、51．99％，0．1022、0．0996，0．1643、0．1622；两个群体遗传多样性在同一水平上。基因分化系数Gst、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示黄姑鱼的遗传变异主要来源于群体内个体间，而群体间无明显的遗传分化。群体的显性基因型频率分布和位点差异数分布